Ini adalah tahun ke-16 era Meiji. Lima tahun telah berlalu sejak Kenshin Himura menghentikan pemberontakan Makoto Shishio. Meskipun kobaran api dari revolusi yang sedang berkembang telah padam, bekas luka yang tertinggal masih terasa di seluruh Jepang. Sisa-sisa kelompoknya - meski terpencar-pencar - masih ada. Beberapa telah menemukan kedamaian sementara yang lain terus berjuang. Rurouni Kenshin: Meiji Kenkaku Romantan - Hokkaido-hen | Rurouni Kenshin: Meiji Kenkaku Romantan: Hokkaidou Hen

Setelah faksi yang tersisa mencoba menghidupkan kembali revolusi, pedang tua Shishio jatuh ke tangan Ashitarou Hasegawa, seorang anak yatim piatu yang tidak pernah mengenal rumah. Konflik juga membuat Aran Inoue, seorang anak laki-laki setengah Jepang, setengah Amerika berusia 16 tahun, dan seorang gadis tentara bayaran bernama Asahi Kubota dengan harga yang lumayan untuk dibayar, tidak punya tempat lain untuk pergi. Tapi untungnya bagi orang-orang ini, dojo Kamiya selalu menjadi tempat untuk menerima pengembara tanpa harus mengungkit masa lalu mereka. Ketiganya ingin memulai dari awal, jadi ketika dua anggota mantan klan Asahi muncul menuntutnya kembali, Asahi menolak dan segalanya mulai memburuk. Di tengah kekacauan, anggota klan menjatuhkan paket yang berisi foto ayah almarhum Kaoru Kamiya pemilik dojo dan lokasinya - Hakodate, Hokkaido. Dengan hanya informasi ini, anggota dojo Kamiya memulai petualangan melintasi laut dengan harapan menemukan berita tentang ayah Kaoru dan alasan dia menjadi sasaran.